ประวัติความเป็นมาของสถาบันวิปัสสนาธุระ สถาบันวิปัสสนาธุระ เกิดขึ้นโดยดำริของเจ้าประคุณ สมเด็จพระพุฒาจารย์(อาจ อาสภมหาเถระ) ท่านเป็นบุคคลแรกที่นำการปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐานตามแนวสติปัฏฐาน ๔(หรือแบบพองหนอ - ยุบหนอ) จากพม่ามาเผยแพร่ในประเทศไทย โดยในปี พ.ศ. ๒๔๙๕ขณะที่ดำรงสมณะศักดิ์ พระพิมลธรรม (อาจ อาสโภ) ได้ส่งพระธรรมธีรราชมหามุนี (โชดก ญาณสิทฺธิ) ขณะเป็นพระมหาโชดก ญาณสิทฺธิ ป.ธ.๙ ไปศึกษาวิปัสสนากรรมฐานสายของมหาสีสย่าด่อที่สำนักศาสนยิสสา ประเทศพม่า เป็นเวลา ๑ ปี แล้วนำกลับมาสอน พร้อมทั้ง พระพม่าสองรูป คือ พระภัททันตะ อาสภเถระ ปธานกัมมัฏฐานาจริยะ และพระอินทวังสเถระ กัมมัฏฐานาจริยะ โดยเปิดสอนครั้งแรกที่วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ในปี พ.ศ. ๒๔๙๖ จากนั้นจึงขยายไปเปิดสอนที่สาขาอื่นทั่วราชอาณาจักร มีการตั้งกองการวิปัสสนาธุระที่วัดมหาธาตุฯ ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๒๔ ได้ถูกยกสถานะเป็นสถาบันวิปัสสนาธุระ สังกัดมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย และได้เผยแพร่การปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐานแบบพองหนอ - ยุบหนอ ซึ่งมีสำนักงานตั้งอยู่ ณ ส่วนธรรมวิจัย วัดมหาธาตุยุวราชรังสฤษฎิ์ ต่อมาเมื่อ พ.ศ. ๒๕๔๐ เมื่อรัฐสภาได้ตราพระราชบัญญัติ จัดตั้งมหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย มหาวิทยาลัยฯ จึงได้มีคำสั่งแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย จึงได้กำหนดให้เป็นฝ่ายวิปัสสนาธุระ สังกัดส่วนธรรมนิเทศ มีภาระงานบริการอบรมปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐานแก่นิสิตบุคลากร และประชาชนทั่วไป ต่อมามหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัยได้มีประกาศ เรื่อง การแบ่งส่วนงาน พ.ศ.๒๕๕๖ และเรื่อง ภารกิจ อำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบของส่วนงานในมหาวิทยาลัย (โดยปรากฏในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ ๑๓๐ ตอนพิเศษ ๑๘๙ ง หน้า ๔๙ วันที่ ๒๕ ธันวาคม ๒๕๕๖) ในปี พ.ศ.๒๕๕๖ มหาวิทยาลัยได้มีการประกาศการแบ่งส่วนงานภายในมหาวิทยาลัย พุทธศักราช ๒๕๕๖ ให้ยกฐานะฝ่ายวิปัสสนาธุระและฝ่ายบริการฝึกอบรมเป็นสถาบันวิปัสสนาธุระ โดยแบ่งส่วนงานมีดังนี้ ๑. ส่วนงานบริหาร มี ๒ กลุ่มงาน คือ (๑) กลุ่มงานบริหาร (๒) กลุ่มงานทะเบียนและสารสนเทศ ๒. ส่วนวางแผนและพัฒนาการอบรม มี ๒ กลุ่มงาน คือ (๑) กลุ่มงานวางแผน วิจัยและพัฒนา (๒) กลุ่มงานบริการฝึกอบรม สถาบันวิปัสสนาธุระ มีภารกิจเกี่ยวกับการวางแผน พัฒนา ส่งเสริม เผยแผ่และให้บริการวิชาการด้านการปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน ฝึกอบรมคุณธรรม จริยธรรม งานพัฒนาคุณภาพวิปัสสนาจารย์ งานวิจัย พัฒนารูปแบบและวิธีการปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน สร้างเครือข่ายสำนักปฏิบัติธรรม หน่วยอบรม คุณธรรมให้กว้างขวาง และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย โดยสถาบันวิปัสสนาธุระ ได้กำหนดภาระงานของฝ่ายต่าง ๆ ในสังกัดของส่วนวางแผนและพัฒนาการอบรม มีภาระหน้าที่ ดังนี้ ๑) ส่วนวางแผนและพัฒนาการอบรม มีอำนาจหน้าที่และความรับผิดชอบเกี่ยวข้องกับงานวิจัยและพัฒนา งานวิจัยวิปัสสนาจารย์ งานบริการฝึกอบรมและปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย ๑.๑ กลุ่มงานวางแผน วิจัยและพัฒนา ปฏิบัติงานด้านการวิจัย ส่งเสริมสนับสนุนและพัฒนารูปแบบ วิธีการปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน ติดตาม ประเมินผล และวางแผนพัฒนาสร้างองค์กรความรู้ด้านการปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน ประสานเครือข่ายด้านคุณธรรมให้กว้างขวางยิ่งขึ้น ส่งเสริมและพัฒนาโรงเรียนวิถีพุทธ และปฏิบัติงานอื่นตามที่ได้รับมอบหมาย ๑.๒ กลุ่มงานบริการฝึกอบรม ปฏิบัติงานบริการหลักสูตรการฝึกปฏิบัติวิปัสสนากรรมฐาน การฝึกอบรมคุณธรรมแก่เยาวชน ประชาชนทั่วไป ผลิตหลักสูตรการอบรมที่เหมาะสม จัดหาสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้มารับการฝึกอบรม และสรุปรายงานประเมินผลการฝึกอบรม และปฏิบัติงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย